Основними завданнями Басейнового управління водних ресурсів річок Прут та Сірет є:
1. Забезпечення реалізації державної політики у сфері управління, використання та відтворення поверхневих водних ресурсів у басейні річок Прут та Сірет.
2. Участь у виконанні державних цільових програм з питань водного господарства, гідротехнічної меліорації земель, управління, використання та відтворення поверхневих водних ресурсів та здійсненні заходів, пов’язаних із запобіганням шкідливій дії вод і ліквідацією її наслідків, включаючи протипаводковий захист сільських населених пунктів та сільськогосподарських угідь у межах Чернівецької області.
3. Забезпечення реалізації державної політики у сфері розвитку водного господарства і гідротехнічної меліорації земель та експлуатації об’єктів державного водогосподарського комплексу та міжгосподарських меліоративних систем у межах Чернівецької області.
4. Спрямування та координація діяльності організацій у частині управління водними ресурсами, що належать до сфери управління Держводагентства, розташованих у басейнах річок Прут та Сірет, з питань управління, використання та відтворення поверхневих водних ресурсів, а також функціонування системи державного моніторингу довкілля в частині проведення гідрохімічних та радіологічних спостережень за станом поверхневих вод.