Відповідно до наказу Держводгоспу України від 14.06. 2006 р. №126 на базі Чернівецького облводгоспу і Дністровського БУВР було створено Дністровсько-Прутське басейнове управління водних ресурсів, яке у межах своїх повноважень здійснює свою діяльність з управління водними ресурсами на території басейнів річок Дністер, Прут і Сірет в межах України, а також забезпечує на території Чернівецької області реалізацію державної політики у сфері розвитку меліорації земель, експлуатації водогосподарських об’єктів та виконання протиповеневих заходів.
Історія Дністровсько-Прутського БУВР специфічна в тому, що нове управління було створено на базі об’єднання двох окремих водогосподарських організацій, кожна з яких має свою власну історію.
Історія Чернівецького обласного виробничого управління водного господарства
До 1954 року водним господарством Чернівецької області займався відділ водного господарства облсільгоспуправління.
Чернівецький облводгосп, як окрема структурна одиниця був створений в вересні 1954 року (Постанова Ради Міністрів Української РСР від 8 травня 1954 р. №605).
За роки своєї діяльності, у відповідності з наказами Мінводгоспу УРСР, а пізніше і Держводгоспу України, Чернівецький облводгосп декілька разів реорганізовувався і перейменовувався. Так, в 1965 році управління було перейменовано в Чернівецький облмеліоводгосп, в 1988 році на базі тресту «Прикарпаттяводбуд» і Чернівецького облмеліоводгоспу було створене Чернівецьке проектно-будівельно-експлуатаційне об’єднання «Чернівцімеліоводгосп». В 1991 році об’єднання було ліквідоване і на його базі створено орендне підприємство «Чернівцімеліоводгосп», яке в 1993 році реорганізовано в державне підприємство «Чернівціводгосп», а в 1994 році управління одержало свою початкову назву Чернівецький облводгосп.
Історія Дністровського басейнового управління водними ресурсами річок Дністра, Прута і Сірету (Дністровське БУВР)
У 1972 році було прийнято рішення Ради Міністрів СРСР про початок будівельних робіт Дністровського комплексного гідровузла на р. Дністер (після катастрофічних наслідків повені 1969 року). Будівництво було закінчено 7 червня 1987 року.
Історія Дністровського БУВР починається з наказу Міністерства меліорації і водного господарства УРСТ за № 668 від 17.12.1980 р. « О создании управлений эксплуатации водохранилищ совместного пользования в системе Минводхоза УССР » відповідно до якого було створене Управління експлуатації Дністровського комплексного гідровузла, яке 22 грудня 1988 р. наказом Мінводгоспу № 164 було перейменовано в Дністровське басейнове водогосподарське об’єднання.
Від 21.09.2000 р. Наказом Держводгоспу № 138 Дністровське басейнове водогосподарське об’єднання перейменоване в Дністровське басейнове управління водними ресурсами р. Дністра, Прута та Сірету.
Відповідно до Наказу Державного агентства водних ресурсів України № 24 від 23.01.2018 року Дністровсько-Прутське БУВР перейменовано у Басейнове управління водних ресурсів річок Прут та Сірет.