Басейнове управління водних ресурсів річок Прут та Сірет (БУВР Пруту та Сірету) є бюджетною неприбутковою організацією, яка утворена та зареєстрована в порядку, визначеному законом, і належить до сфери управління центрального органу виконавчої влади, який реалізує державну політику у сфері розвитку водного господарства та гідротехнічної меліорації земель, управління, використання та відтворення поверхневих водних ресурсів – Державного агентства водних ресурсів України.

БУВР Пруту та Сірету у своїй діяльності керується Конституцією та законами України, актами Президента України, Кабінету Міністрів України, нормативно-правовими актами центральних органів виконавчої влади, що мають міжгалузеве значення, рішеннями обласної та місцевих державних адміністрацій, наказами, рішеннями колегії та іншими нормативними документами і актами Держводагенства та  Положенням.

БУВР Пруту та Сірету у межах своїх повноважень відповідно до законодавства забезпечує на території басейну річок Прут та Сірет реалізацію державної політики у сфері управління, використання та відтворення поверхневих водних ресурсів, розвитку водного господарства, а також координує діяльність організацій, що належать до сфери управління Держводагентства, із зазначених питань в межах басейну річок Прут та Сірет.